O R já tem comandos que podem ser usados no terminal. Por exemplo, você pode usar Rscript ou R CMD para executar scripts e/ou comandos sem precisar iniciar uma sessão ou abrir o RStudio:
Rscript -e 'rmarkdown::render("report.Rmd")'
Contudo, convenhamos, é verborrágico. Eu uso bastante o {rmarkdown} e fora do RStudio (que oferece atalhos para compilar os documentos) é um pouco maçante tem que digitar aquele comando toda hora. Aprendi hoje que posso criar um script executável para isso. Por exemplo, em um arquivo chamado rrender, escrevo:
#! /usr/bin/env Rscript
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
rmd <- args[1]
if (!require("rmarkdown")) install.packages("rmarkdown")
rmarkdown::render(rmd)
Preciso tornar esse script executável com:
chmod +x rrender
E posso utilizá-lo assim:
./rrender report.Rmd
Aprendi aqui: https://github.com/gadenbuie/getcitations/blob/master/getcitations.R
Tenho outros executáveis aqui: https://github.com/kguidonimartins/dotfiles-public/tree/main/.local/bin/tools/r